沉水型水生植物根莖生于泥中，整個植株沉入水中，具發達的通氣組織，利于進行氣體交換。葉多為狹長或絲狀，能吸收水中部分養分，在水下弱光的條件下也能正常生長發育。對水質有一定的要求，因為水質渾濁會影響其光合作用。花小，花期短（除部分植物外），以觀葉為主。

沉水植物，如常綠苦草或狐尾澡植物，在水中擔當著“造氧機”的角色，為池塘、河道中的其他生物提供生長所必需的溶解氧；同時，它們還能夠除去水中過剩的養分，因而通過控制水藻生長而保持水體的清澈。

水藻過多會導致水質混濁、發綠、并遮擋水生植物和池塘生物健壯生長所必需的光線。沉水植物有：輪葉黑藻、金魚藻、馬來眼子菜、苦草、菹草、水菜花、海菜花、海菖蒲等。